desculpa a demora em responder!
Então pegamos um barco das agências que vendem diretamente lá no porto de saída em Belém. Infelizmente não temos contato da agência pra te passar (a não ser o nome daquele deputado que está no post, ai talvez buscando na internet você ache algo) porque eles são realmente desorganizados. O serviço de venda e embarque prestado por eles é de péssima qualidade e desrespeitoso. Mas, infelizmente, foram as únicas opções que encontramos naquela época.

Quanto ao passeio em si, levamos quase 6 dias subindo o rio de Belém a Manaus. Esse barco é como se fosse um ônibus ou trem. Vai parando nas cidades que ficam na margem do rio. E ali sobem e descem passageiros, o barco fica parado de 30min a poucas horas em cada cidade dependendo de quanta carga sobe no navio.
É bom ter em mente que não é algo turístico em si. É um meio de transporte, então não há conforto nenhum. Banheiros são compartilhados, áreas comuns também, a limpeza é mínima e algumas condições para as pessoas não são dignas como deveriam ser.
Mas para gente foi muito interessante viver essa realidade e conhecer bem as pessoas que ali estavam ali. Se você tiver isso em mente e souber apreciar a beleza do caminho e o fato de conhecer pessoas muito bacanas, vale a pena!!
Para você conhecer bem as cidades no caminho talvez possa descer em algumas cidades e ficar uns dias em cada uma delas. Santarém, por exemplo, fica no caminho e é uma cidade grande comparada às outras. Mas para ver como funcionaria essas paradas, teria que conversar diretamente com a empresa que vende os serviços ou comprar a passagem por trechos. Sempre de ida.
Com relação a pegar o barco em Belém e comprar o avião de volta em Manaus acho realmente a melhor opção!! Ir e voltar esse trajeto de uma só vez seria cansativo demais! Acredite! hahaha

Esperamos ter ajudado.
Um abraço e boa sorte, pois realmente a culinária do Pará e norte do Brasil é MUITO diferenciada e especial!!!